Если на обрабатываемой поверхности чередуются зоны ржавого и чистого металла, то не будет ли вредным попадание Преокора на чистый металл?

Нет, не будет.

Более того, на поверхности чистого металла останется нанопленка с ингибитором коррозии, входящим в состав Преокора, что будет способствовать блокированию на этих местах опасных коррозионных процессов.